Le Héron cendré est mentionné dès les premières publications relatives à la faune rhénane (Baldner, Kettner
). À la fin du XIXe siècle, Werner signale l'existence d'une colonie d'une quinzaine de nids dans le Sundgau. À cette époque, l'espèce est systématiquement détruite : de 1877 à 1881, la société alsacienne de pisciculture verse des primes pour l'extermination de 430 hérons !
La colonie de Beinheim (67) est la plus belle colonie d'Alsace. Sa création remonte aux années 1950 et, pendant près de 20 ans, elle reste le seul site de nidification d'importance en Alsace, avec un effectif probable compris entre 20 et 40 couples. Une autre colonie voit le jour à l'autre extrémité de la région (dans le Sundgau) dans les années 1968-70. En 1983, ces deux colonies comptent respectivement par 113 et 88 nids.
En 1984, l'Alsace possède 10 colonies connues : 4 de moins de 15 couples, 1 de 15 à 30 couples, 2 de 30 à 60 couples, 2 de 60 à 90 couples et 1 de 90 à 120 couples. 5 colonies se situent sur la bordure rhénane, 2 sur les terrasses, 2 dans le Sundgau et 1 dans le Ried. En tout, la population alsacienne nicheuse de Héron cendré est forte d'au moins 400 à 450 couples.
Le régime alimentaire est étudié en 1984 dans une colonie de 25 couples près de Strasbourg. Les captures les plus fréquentes sont des tanches, des gardons, des brêmes et des ablettes pour les poissons (total 53 %), des gremouilles vertes (20 %), des campagnols (10 %), des surmulots (2 %) et des insectes et invertébrés divers (15 %). La taille des poissons capturés varie de 10 à 20 cm dans 80 % des cas. Le rayon d'action de la colonie est évalué à 5-7 km.
L'impact de la prédation du Héron cendré sur les peuplements de poissons est ensuite discuté et des mesures de prévention et de protection des élevages sont énoncées.